一架UFO在关西地区上空出现并且降落在富士山脚，这UFO原来是时光机器，它载著来自23世纪的三位代表来到20世纪末的日本，他们的任务是防止日本在下个世纪因为哥斯拉而亡国。他们希望能回到过去，在水爆大怪兽哥斯拉还未受到放射线影响变成大怪兽之前即把它消灭。未来人指定三人参与任务：寺泽健一郎，未来将会写一本关於哥斯拉的书、三枝未希，利用她的超能力可感受到哥斯拉的存在以及古生物学家真崎。他们回到1944年马绍尔群岛的拉哥斯岛，那里住著一只残存的恐龙，几年后在拉岛上美国的核子试爆，使得这恐龙突变成哥斯拉。来自未来的队伍观察到恐龙在二次大战其间..