三年前的那场事故，使得凉宫遥以及鸣海孝之的人生发生了巨大的变化。遥昏睡了整整三年，即使是苏醒后的短时间内记忆也一直是处在混乱状态。孝之因为遥的事故而深受打击，过着茫然自失的生活。但是全靠了速濑水月献身性的努力，虽然几经周折但还是振作了起来。随后在遥出院的当天，孝之以及好朋友平慎二、遥的父亲宗一郎以及遥的妹妹茜一起，前往医院迎接出院了的遥。但是在那里，并没有出现一直支撑着孝之的水月的身影……